Les Maisons Familiales Rurales fonctionnent selon le statut associatif de la loi de 1901 relative aux associations à but non lucratif.
L’association assume la responsabilité de la Maison Familiale Rurale et a pour but notamment « de donner aux familles qui en sont membres les moyens d’exercer leurs droits et d’assumer leurs responsabilités, notamment en ce qui concerne l’éducation, l’orientation et la formation professionnelle, générale, morale et sociale des enfants fréquentant la Maison familiale rurale ».
Elle « participe à l’animation et au développement du milieu dans lequel est implantée la Maison familiale rurale et assure toutes activités d’éducation populaire ainsi que toutes actions à caractère éducatif, social ou familial. »
Les parents sont automatiquement membres de l’association lorsqu’ils inscrivent leur enfant à la MFR et sont convoqués chaque année à l’assemblée générale qui présente le bilan des activités ainsi que le bilan financier de l’année écoulée. Le conseil d’administration, composé essentiellement de parents, est renouvelé à cette occasion. Un bureau formé d’un président, d’un secrétaire et d’un trésorier est ensuite élu.
Le conseil d’administration porte le souci du développement de la Maison Familiale Rurale et de la participation active des familles à la vie de l'association. Présidé actuellement par M. DE OLIVEIRA Jacques, le conseil d’administration se réuni 4 à 5 fois par et prend toutes les décisions relatives à la gestion, au suivi éducatif et pédagogique ainsi qu’aux relations de la MFR avec son environnement (professionnel, politique, culturel, …)